一度来たことがありましたが、子連れでは初めてでした。妻と幼児2人の計4人です。

【施設等】
オムツ交換などは場所が沢山整備されています。あととても綺麗です。
水槽の数は多いですが、大掛かりな展示は少ないため全体が広すぎず、歩きやすいです。
経験上、他の水族館よりも座れるスペースがかなり多めです。
あと、屋外がなく空調が常に効いてることから、1〜3才くらいの子も安心して連れて行けます。

【駐車場】
三連休の最終日ということで、駐車場の待ちが1時間以上ありました(timesの満空情報は見たが、混雑のステータスがスキップされて突然満車になったので、空車の表示を信じて待ってしまった)。休日は余裕を持って現地に向かわないと昼ご飯が食べれないとか、このチケットの時間指定を守れないとか、懸念されます。

【その他気になる点】
金がかかりすぎる事です。駐車場代や食事代など含めたら品川水族館とかの3倍くらいしました。

【感想】
設備は充実していて、周辺には楽しいお店が沢山あります。ただし、ショッピングモールの上階に水族館をブチ込んだら、魚を観るだけの需要とは価格が離れてしまうのも無理ないです。スカイツリー全体が持つ商業施設としての機能に期待するなら(つまり観光やデートとしてなら)とてもおすすめです。天候に左右されずに予定を立てられる点や、座ってのんびりする場所が多いことからも、ここはカップル向けですね。
我が家も子供が成長してスムーズに回れるようになったら、お買い物などの目的と組み合わせてまた是非行きたいです。